Små Skalleslugere i vinterlandskabet.
Mern Å løber ud i Stege bugt. Åen begynder i den vestlige del af Ugledige tunneldal, hvor den løber igennem en række søer, der er dannet i tunneldalen. I Ugledige tunneldal er åen omgivet af engarealer og andre steder løber den gennem snævre kløfter. Ved Ugledigesøerne ligger søerne op til den tidligere dyrehave, hvor der findes mange markante gamle træer, der danner grundlag for mange arter.
 
Længere mod øst løber åen ud på et fladere område ved Maglemose, hvor der er retableret en sø. Området er utilgængeligt og giver fred til store flokke af trækfugle i forårs- og efterårsmånederne, hvor mange gæs og ænder besøger området.
Øst for Mern by løber åen i landbrugslandskabet, men de sidste ca. 2 km løber den gennem skove og kløfter, inden den løber ud ved Sageby gennem et fladt strandengsareal, som nu er opdyrket og videre ud til de lavvandede kystområder.
 
Åen danner grundlag for et meget varieret dyreliv. Ikke bare dyr tilknyttet vandløbet , men også søerne langs åen og ikke mindst de tilstødende levesteder med enge, skove, ellesumpe, kløfterne, moser, strandenge og det lavvandede udløbsområde. Åen indeholder en af de få oprindelige  ørredbestande på Sjælland.
Danmarks Naturfredningsforenings mål og visioner for den fremtidige udvikling af området
 
Der er store naturværdier og et stort naturgenopretningspotentiale tilknyttet åen og dens omgivelser. I overensstemmelse med vandrammedirektivets mål og intentioner kan der, med udgangspunkt i at sikre og forbedre den oprindelige
ørredbestands levevilkår, med stor fordel udøves en helhedsorienteret vandforvaltning, hvor genslyngning af udvalgte åstrækninger sammentænkes med en genopretning af hele ådalen. F.eks. ved genskabelse af de vandløbsnære arealers naturlige hydrologi og pleje af eksisterende enge langs åen, ligesom det er sket ved genopretningen af Ugledige og Lekkende søer.